~神奇宝贝的历史~

在我们所知的世界里生存着超过300种以上的神奇宝贝。人们学会了如何与神奇宝贝们建立纽带关系，训练它们以进一步挖掘它们的能力，这些人叫做“训练家”。还有一些人决定采用另外一种建立纽带的方法，他们就是神奇宝贝护林员。训练家路比和小瞳正在对战塔里决斗。水晶继续她在成都地区的冒险，身旁有洛奇亚飞行相伴旅行在海边的路上。护林员日向从森林大火中救出了一只尾立并借助几只水系神奇宝贝的能力帮它脱困。然而，不是世界上所有的人都想要跟神奇宝贝们建立良好的关系，相反，他们要控制神奇宝贝。烈空坐就不幸成为了被火箭队捕获的猎物（没有人知道后来发生了什么）。

有一个特别的训练家小智，在完成四个地区的旅行后，现在正在为了挑战对战开拓区的优胜而努力着。小智跟小刚、小遥和小胜这些朋友一起经历了许许多多的冒险，他的下一个冒险地将会是一个很远很远的地方。

~开场~

一颗神秘的蛋在神奇宝贝的护送下于大洋中漂过。它在海水中滑行，穿过一群铁炮鱼，还路过几只珍珠贝、铁甲贝等等。这颗蛋最终安稳了下来，过来一群电灯怪和灯笼鱼好奇的看着。突然间一道聚焦灯光射到蛋上，这群鱼类神奇宝贝全都游开了。海上，三架直升机在水面上盘旋，搜索着蛋。“宝藏”的确认传到了水下的一艘大型潜水艇中，那里魅影军团的船长魅影正实施着他得到蛋的计划。他的音符鹉飞到船长右边人的肩膀上，尖声重复着船长的话。

当潜水艇离蛋足够近时，一只机械手伸出来将它装到一个玻璃箱里，然后把它带了回来。操作任务成功，船长魅影来到放蛋的房间，蛋在台子上，还装在玻璃容器里。他惊叹着这件战利品的神奇，正要伸手去拿它，却被他手下海盗的一员抢先夺走了。魅影被这名叛徒的行为所激怒，立刻派出手下追捕他，然而这名神秘背叛者却巧妙的避开了猛扑过来的一行人。他一直逃到了一个走廊深处，这下前后都没有了出路。幸好垂直传送带上有一架梯子，于是他用它来脱逃，爬到了上层。他跳下梯子，把护栏踢倒，让那些追他的人爬上来时被栏杆撞到头。他在集体食堂的厨房里短暂停留了一下，把蛋放到背包里保护好，然后跟他的“任务协调员”茱蒂取得了联系，告知她已经成功的保护了蛋。但当他正要结束汇报时，那些海盗发现了他并把他包围了起来。于是他立刻跳上了厨房里的盆盆罐罐，落地时让它们向着敌人的头部飞打过去，趁此机会他成功地逃了出去。逃出去的路上，他还把一大麻袋土豆绊倒在身后让那些追兵更加手忙脚乱。

神秘叛徒终于找到了通往外面的路，可他发现自己还在被剩下的潜水艇船员追赶着。他跑向潜艇的另一头，跳过一个活板门。门打开了，是船长魅影。这名背叛者来到了船首，发现自己已被困住。这时船长放出了一只大甲和一只派拉斯特，盘问叛徒的名字并威胁他如果不想被神奇宝贝攻击就赶紧将蛋归还。这名背叛者介绍自己叫“杰基”——杰克·渥克。他跳上潜艇前端的顶部，勉强躲开了大甲的攻击。就在船的边缘他发现了几只巨翅飞鱼在附近游水，他感到十分幸运。他抽出捕获遥控器，刚巧在船长魅影到达顶部前成功捕获了一只巨翅飞鱼。船长再一次试着威胁杰基把蛋交出来，可杰基却飞身跳下船落到巨翅飞鱼身上，下令使出奇异光线然后纵身潜到深海中逃掉了。船长勃然大怒，命令大甲对水中发射破坏丝光，然而这名透露了身份的护林员早已游到安全的地方去了。

~电影开篇标题~

开场标题的出现：一开始画面聚焦在互相连接的组成物质的分子中的一个上，然后画面不停的放大，原来是一颗钻石。之后摄像头扫过一片熔岩浆，来到一片暴风雨的天空，天空逐渐晴开，出现了一片大海。潜入水中，现出了水分子，然后电影主标题出现。

小智、小刚、小遥和小胜在一条晴朗的大道上旅行着。天气很热，大家都大汗淋漓、筋疲力尽，急着想找个地方避一避。可是周围只有这条土路和一片广阔的草地以及分散生长的几颗树。小胜停下脚步找小遥要水喝，他的已经喝光了。小遥把她的热水瓶递给小胜，可是他发现也空了。两人大吃一惊通通瘫倒，小智回过头看她们俩的时候，突然发现一颗水做的球漂在远方，他有一点儿搞不懂，不禁说出：“水”。小胜和小遥听到这个字立刻振作起来，小胜更是一股作气朝着水球的方向飞奔而去。

来到那里，他们发现了好几颗水球和水系神奇宝贝们，中间还站着一个少女。小胜走上前，问她可不可以给点水，少女许可了。于是小胜走向旁边一颗水球开始吮吸里面的水，吸了几口后一只樱花鱼便将他拨开。随后小智他们也走上前来，少女问道他们是谁。大家开始自我介绍，只有小刚仔细的打量着这名少女并且最终认出了她：广美。小刚随即拿出了心仪的女性名单的小册子，翻到了广美那页。他解释到广美和她的家人主持着一台用水系神奇宝贝进行的室外马戏团演出。这时皮卡丘离开小智身边发现了一对玛沙那和恰雷姆的演出组合以及几只蚊香蝌蚪。它们用表演向皮卡丘问候：由水系神奇宝贝喷出水，然后玛沙那和恰雷姆用幻象术把水柱组成了皮卡丘的形状。这下子几个人终于明白水球是怎么形成的了。

这时有几个人从一个拖拉式的活动房屋里走了出来，询问小智等人的身份。广美解释了他们之间的偶遇说他们只是来要些水。他们开始纷纷自我介绍，这一家人是经营着马戏团的表演家们：妈妈叫米娜模ミナモ（水面），爸爸叫卡伊カイ（海/贝），爷爷叫希普シップ（船）。他们还有一个小丑角色最近才加入队伍。小遥评论道妈妈看起来好年轻，还以为她是广美的姐姐呢。妈妈笑着拍了小遥一下的头，不料不小心有点用力过度了。

来到活动房屋里面，小胜享受着渴望了好久的一杯水。之后，一只友好的*尾浮鼬跳到一架双层床上，来到放着一个金属罐子的顶层床。它按了一下按钮，罐子开打了，里面正是片头露面的那颗神秘的蛋。小遥目不转睛的盯着它看了好一会儿，直到爸爸过来完全拉上了半遮着床的帘子然后说了声“对不起”就离开了。为了缓和气氛，广美邀请大家免费看一场他们将要在下一个城镇进行的表演。大家愉快的接受了。

表演开始了。先是一颗大号的水球体被做了出来，金鱼王和白海狮置身其中。随着玛沙那和恰雷姆把球体分割成了两个，爸爸妈妈立刻潜入水球中加入表演。然后几个更多的水球被做了出来，各种水系神奇宝贝纷纷进入其中，最后是广美跳了进去，骑着白海狮在顶端，很快的跳出来又再次跳进去。同时，小丑身穿着巨牙鲨装束四处游走。他用几个小球玩着杂耍，几只在小水球中的角金鱼来到他的身边，他便用巨牙鲨制服来“吃”角金鱼，随即演出巨牙鲨有点消化不良的样子，角金鱼又蹦出来到了另一边。小智一行人正在一旁观看着精彩的表演，马上也被推进了各自的水球中。然后，所有的水球又结合成一个大球。玛沙那和恰雷姆开始在大水球的周围包裹上能量，水球爆开变成蒸汽，下方是表演家族以及小智等人，所有的水系神奇宝贝则在各自的泡泡里。表演到此结束。

表演过后，*尾浮鼬在活动房屋里忙来忙去，终于找到了放着那个容器罐的双层床。它再次看了看罐子后把它翻倒，罐子滑过床边眼看就要掉下来了，它一把抓住它，同时设法救自己免于摔在地板上。它把容器罐带到活动房屋和房屋前面装饰成马戏团风格的车子之间。小遥正巧在那里，她发现了*尾浮鼬，也再一次看到了那个容器。再说这一边，屋顶上面偷偷藏着火箭队的武藏、小次郎和喵喵，他们正在监视着小鬼头们和马戏剧团，看看他们到底要做什么。小次郎无意中撇到了一眼那个容器，然后发现之前表演的小丑过来从*尾浮鼬那里把它拿走，然后一句话不说地离开，将它交给了广美。广美随后把它放在了一个架子上，拉上帘子把它围了起来。过后，剧团收拾东西打包的时候，小智他们又被邀请跟他们一起去下一个城镇。

同一时间，武藏、小次郎和喵喵在喷泉里放松，武藏和喵喵注意到小次郎正在看一本“火箭队队刊”。小次郎说他见到了马戏团演员那里有一个在队刊里发现的东西。然后他找到了记载着蛋和船长魅影照片的那页。于是他们计划决定跟踪马戏团的移动房屋，伺机实施进攻。这边，剧团打包完毕后，小智等人被邀请一起坐他们的车旅行直到下个城镇，因为那里是多山地区。他们再次欣然接受然后便立刻动身了。火箭队三人组趁他们路过时躲进了屋里一条小巷内。小次郎正要电话通知开始进攻，可马上改变主意挂断了，因为他们忽然意识到只需藏在活动房屋里搭便车就能行动了。

那一晚，所有人都在睡熟，*尾浮鼬在活动房屋里走动，找到了放容器罐的架子。然后它爬上架子按下按钮，再一次放出了蛋。月光洒在蛋上面，蛋开始泛出红光。光照在小遥身上，使她做了一个身在海底世界的梦。许许多多的水系神奇宝贝在她身边游过，其中一只神秘的神奇宝贝突然一直向她游来。它体型小小的，看起来非常友好而且爱玩。然后在面前的上方小遥看到了一座被泡泡包围起来的貌似水下宫殿似的建筑。神秘神奇宝贝立刻游向了前方，小遥大喊一声“等等！”但这时她从梦中醒来了。醒来后广美站在她的旁边好奇的问发生什么事了，然后向她问早安。

拖车式的活动房屋在山区的一条河边停了下来，为了让大家吃一顿很晚的早餐。餐桌架在了户外的河边，一行人享受着意大利佳肴的美味。用餐中小遥谈起了昨晚那个神秘的梦，说她看到了一只从未见过的神奇宝贝以及海底一座奇怪的宫殿。小智等人听了觉得很不可思议，马戏团的人也表现出觉得很神秘的样子，这时广美和妈妈说她们也做过同样的梦，而且这个梦是跟一个传说有关的。这时爷爷立刻打断了她们，说现在还不能说出来。饭后，当他们再次开始收拾东西的时候，武藏、小次郎和喵喵开始行动了。在四处搜查后武藏成功的找到了蛋。可当他们凑在一起仔细打量它的时候，蛋开始发光了。一道红光打出来穿过他们三人的头部。奇怪的红光过后，三个人都开始行为反常：武藏变成了喵喵，喵喵变成了小次郎，而小次郎则变成了武藏。

他们还在为互换了心智而兴奋惊奇的时候，大家用餐回来了。火箭队刚要离开就被人们发现了行踪。于是三人如往常一样开始了出场对白，不过这次有些不同，连他们自己说完后都感觉不对劲，因为他们的身体被互换了。他们开始带上蛋逃跑，小智追在后面。差一点就能追上他们的时候，被他们用气球逃掉了。借助气球上*脚踏车驱动的推进器，他们成功的空中脱逃。小智刚要派出皮卡丘使出十万伏特打下他们的时候，却被突然出现的马戏团小丑制止了。如果气球炸毁的话，就会连蛋一起伤及。他立刻从口袋里拿出了捕获遥控器，发现附近有一只大嘴雀。于是他捕获了大嘴雀，借助它来追火箭队。大嘴雀起飞前，皮卡丘跳上它的后背。很快两只神奇宝贝就追上了火箭队。皮卡丘落到脚踏车驱动器上面，发出电气火花。然后它趁机迅速抓起蛋往气球下面一跳，刚好落在大嘴雀身上。大嘴雀随后开始向上飞，打算把气球戳破，火箭队开始慌乱成一片，武藏提醒小次郎身体里的喵喵赶紧做点什么，但是为时已晚，大嘴雀向着气球啄去，把火箭队送上了太空。

大嘴雀将皮卡丘带回了小智身边，小遥、小胜、小刚和广美也在一旁。广美取回了装蛋的箱子，然后小丑也赶到了。小智认出了小丑使用的捕获遥控器，断定他一定是个神奇宝贝护林员。小丑点了点头，卸下化装服，原来他是杰基。一切安顿下来后杰基给小智等人看了那颗蛋。可惜他的伪装已经泄露了，因为连火箭队也看出了那颗蛋。就当他们要转身返回活动房屋的时候，几架直升飞机逐渐出现在地平线，近处仔细一看，那些直升机身上都打上了船长魅影的标志。杰基赶紧警告大家对方是谁，并让大家设法从一条满是岩石的小径中脱逃。船长魅影放出两只大针蜂追赶他们，大伙立刻开始逃跑。他们兵分两路以分散追兵，由小智跟着杰基走，小胜、小遥、小刚和广美则走了另外一条路线。沿着小智和杰基逃走的小径，船长魅影跳下直升机继续追赶他们。中途，杰基把放蛋的容器罐用毛巾裹起来，和小智一起来到一块岩石后面躲了起来。这时船长赶到，杰基现身带着毛巾逃走，船长看到后开始追他；而这时小智偷偷的带着真正的蛋朝反方向溜走了。

另一方面，小胜和小遥两人与小刚和广美分开逃跑。最终小胜、小遥和小智碰了面，却发现船长的右手下带着一只大针蜂在追赶他们。大针蜂用飞弹针攻击，皮卡丘以十万伏特来还击。然后三人试图逃跑，可大针蜂却用臭泥爆弹挡住了他们的去路。小智决定留在后面对付大针蜂，让小遥和小胜带着蛋先逃。这一边，船长魅影最终追上了杰基，却发现杰基所拿的不过是一对杂耍用的球。杰基把其中一颗球砸向魅影，魅影把它啪的一声甩到了旁边的峭壁上。不料球刚好反弹了回去砸在了魅影脸上。趁着这突如其来的大好运气，杰基飞快逃走，跳到一块大圆石上。然而魅影竟然举起了石头上下摇晃。杰基只得跳了下来，可此时船长没兴趣跟他玩了，开始去追真正的蛋。

小胜和小遥逃跑中发现跟大家走散了，开始祈祷其他人平安无事。突然间船长后方出现想要从小遥手中翘开容器罐。小遥拼了命紧紧的握住罐子，小胜趁机跳到魅影身上，拉他的嘴。可此时魅影拼命掀着盖子，不一会儿盖子就掉了，蛋从里面飞了出来。小遥扔掉容器俯身去接蛋。在这紧要关头小智最终赶上来了，而蛋此时发出一道红光！然后整颗蛋开始散发出白色光芒，一对触角伸了出来。当白光退去，玛纳霏终于出世了。它睁开眼睛看见了小遥，开始哭泣。小遥试着让这个刚出生的小家伙平静下来，而船长则对自己一直寻找的宝藏竟然是玛纳霏这种小东西感到有些失望。但即便如此，他也没有打算轻易放弃它，而是开始了夺取行动。这时杰基及时赶到来对付魅影，让小智、小遥和小胜有足够时间逃走。杰基稍后也赶了上去，四个人终于找到了活动房屋（此时小刚和广美已经提前回到了里面）。大家进入屋子的时候，杰基留在后方再次伏击魅影以拖延他的时间。

活动房屋开始启程，大家都在好奇这只玛纳霏。它睡在小遥的膝上，幸福而安详。广美的妈妈想要试着去抱它，结果刚碰到它玛纳霏就开始哭个不停。她只好把小家伙交还给小遥，立刻，小家伙不再啼哭，再次变得高兴起来。大家猜测也许玛纳霏出生时就把小遥当成了自己的妈妈，因为那是它第一眼看到的东西。这边，魅影再次追了上来，两架直升机投下了抓杆并把它们固定住，同时使活动房屋减速。广美的爷爷从前拉车来到后面的活动大屋，告诉里面的人赶快进到前拉车里。广美的妈妈先进去，然后帮助小遥上车，怕她会摔下去。小刚则冲到前面去帮广美，然后是小胜和小智。希普爷爷最后一个从大屋出来，然后拉开连接活动房屋的插拴。这让好不容易固定住的直升飞机开始向后飞，立刻失去了控制，而活动房屋摇晃着向着悬崖倾斜驶去。直升机不得不又砍断了抓绳以重新取得控制。

与此同时，武藏、小次郎和喵喵被打飞摔下后醒来。他们发现自己躺在了一座遗迹顶上。武藏说她做了一个奇怪的梦，梦到她成了喵喵，喵喵说它梦到了自己变成了小次郎，而小次郎则说他梦到自己变成了武藏。突然间他们意识到这只是个梦，一定是那颗神奇宝贝蛋使了什么手段才会这样。他们发现果然翁和魔尼尼站在边上，看起来它们俩也作了这种奇怪的梦，不停的表示“赞同”。这时他们看到了一个马戏团员也赶到了这个遗迹。所有人都露面后，不久魅影部队也到达了。武藏、小次郎和喵喵决定让魅影“雇佣”他们，好让魅影替他们把蛋得到手，这样什么都不用做，他们只需伺机偷了它就可以了。

小智一行人向着遗迹内部前进，越潜越深，直到他们到达了一个死胡同。希普爷爷这时候拿起了他的海贝手镯，将它*近了挡路墙内镶着的一颗宝石。宝石开始发光，光里出现了酷似密码锁的东西。他调至正确的密码，然后一扇门打开了。爸爸卡伊问他们有没有水系神奇宝贝，接下来他们要沿着运河下去。几分钟后，魅影疾速赶到遗迹内，遇到了相同的死胡同。然而魅影似乎知道这个机关，从口袋里拿出了一条相似的手镯。可是让他失望的是尽管发现了运河通道，他却没有办法下去。回到水面上，魅影发现了火箭队三人组在帮他刷直升机。他问他们在做什么、想干嘛，武藏、小次郎和喵喵说他们愿意提供魅影一套清洁服务。魅影立刻拒绝了他们。可是凭借着死缠烂打，这三人最终还是以清洁工的身份在魅影身边留了下来。

正当小智等人顺着运河游下的时候，玛纳霏充分的享受着水中的欢乐时光。很快，他们来到了另外一面墙，墙上装饰着一些讲述着古老传说的壁画。爷爷解释道传说中有一个名叫“阿库夏”的海洋神殿，里面住着水系神奇宝贝和“水之民”，同时也是“海之王”生活的地方。然而邪恶的势力开始了侵略，海之王便用他的力量来保护神殿。他把神殿用泡泡包裹起来，将它沉到了大洋的深处。通常情况下人们是看不到它的，但是当“苍海的王子”回归的时间来到，月亮将会发出短暂的红光，这时候阿库夏就变成可见的了。只是王子一旦出世回归就有了一个时限。玛纳霏就是“苍海的王子”，所以爷爷计划领着大家到一个海港城镇，到了那里他就可以用在那里等待的船带上玛纳霏去阿库夏了。

这一边，魅影盘算着小智他们都可能会去了什么地方。但是当他的右手下试着在地图上划出他们的路径时，运河突然间分成了许多不同的分*路。这下他们只需多费点时间就能找出他们究竟去哪了。

小智等人来到了一座海港城镇，他们在那里待了一会儿等待着爷爷的船过来。于是他们趁机休息一下，品尝那里的冰淇淋。也许是一路游的太累了，玛纳霏在摇篮里已经睡着了。这时爷爷突然发现自己的船到了，于是立刻吃完手中剩下的蛋卷冰淇凌，提醒大家船到了。在港口，爷爷的三位水手老伙计伽布（ガブ）、达布（ダブ）和扎布（ザブ）健步来到老朋友面前向他问候。他们也想跟爷爷一起踏上去阿库夏的探险旅程（尽管爷爷并没有跟他们特别提过它）。爷爷首先向老朋友们介绍了小智一行人。想当年，爷爷曾经也是一介热心的冒险家，驾着自己的船“蓝色礁湖”号走遍四海。可是爷爷这次只打算带上他的家人们、杰基和玛纳霏。船开了，小遥十分的沮丧，然而她了解只有玛纳霏被放归它才会幸福。可伽布达布扎布三人还是鼓励小遥去把船叫停让她上去。在一旁的小智也不愿意放弃这么一次难得的冒险，也跟小遥一起去叫停船。

船上的玛纳霏立刻醒来开始哭闹，杰基试着去安慰它。但是它很快射出一道红色闪光。红光击中了杰基后飞进海中向着返回海港的方向行去。它渐渐向小智和小遥驶来，忽然小智的脚被红光击中，然后杰基和小智互换了身体，两人十分诧异。可玛纳霏此时很高兴见到杰基身体里的小智，而真正的杰基还在向着港口末端跑去。

最后，小遥等人还是都上了船。杰基和小智纷纷谈论着刚才那奇怪的经历。杰基说道这就是玛纳霏的力量之一：心灵交换。尽管杰基不太高兴玛纳霏跟小遥分享自己的心情，但至少现在玛纳霏高兴了。就在这时，玛纳霏想要喊出小遥的名字，却发出了“Kamon”的声音（注：酷似小遥每句话后面跟的口头禅Kamo）。这让大家都很兴奋原来玛纳霏也能说话。小智和小胜试着让玛纳霏叫出他们的名字，但是玛纳霏却拒绝开口说话。看来小遥似乎是唯一一个可以让玛纳霏说话的人，于是杰基告诉小遥让玛纳霏到水里去，因为他们就要领着它到阿库夏去了。于是小遥让玛纳霏跳下船。玛纳霏开始探索海底世界，但是仍然保持跟船很近的距离好一直留在小遥“妈妈”的附近。

就在玛纳霏游过的时候，希普爷爷带着一行人来到船的底层。放开一道舱口，面前一顶圆盖打了开，原来是一间水下前方观察室。透过玻璃他们看到玛纳霏和各种水生神奇宝贝们游过。玛纳霏也看到了小遥，朝她游来，却狠狠撞到了圆盖玻璃上。它开始啼哭，小遥试着安慰它，很快玛纳霏又开始了快乐的水中露营。几天过去了，玛纳霏仍旧跟着蓝色礁湖号游着，时不时的叫出小遥来。杰基还是觉得这样不太好，因为如果玛纳霏跟小遥走的太亲密的话，它也许就不会回到阿库夏了。尽管如此，杰基还不忘守望着海洋外面，可能在找寻阿库夏的位置，或者在提防魅影的到来。有一次，杰基用帆伞（注：由汽艇牵引驾驶降落伞在空中翱翔）观察着视野更为开放的远方，小智从下面看着他，不仅感叹道当一名神奇宝贝护林员多酷啊。

船在一块珊瑚礁停*了下来，一群人决定游游泳。小遥的注意力还全神贯注的在船上，一心只想着玛纳霏，看着它在水面跳上跳下溅起水花。小智回到船上找杰基，杰基看他走上前便递给他一条毛巾。小智问杰基是怎么决定要成为一名神奇宝贝护林员的。原来，当杰基还很小的时候，一次在他的家乡被一场暴风雪困住了。他发现一个洞窟里可以避难，跌跌撞撞的躲进来，在寒冷中不停的颤抖。这时一只青绵鸟来到他的身旁，他这才意识到整个洞穴里都是青绵鸟、七夕青鸟、尾立和大尾立等神奇宝贝。它们都凑了上来挤在一起帮他取暖，然后就这样度过了一夜。第二天一早，暴风雪停了。所有的神奇宝贝开始从洞口里出来。看到一群群的鸟类神奇宝贝飞走，杰基开始对神奇宝贝的生活产生了兴趣，同时萌发了想要保护它们的生活的想法，从此他就开始了各种冒险。听完了杰基的故事，小智开始兴奋起来，又立刻和*尾浮鼬一起跳回了海里。小遥也和玛纳霏一起加入。他们一起探索着这块珊瑚礁。

当天晚上，小遥跟玛纳霏一起睡在了外面一张吊床上。她对玛纳霏说喜欢它，玛纳霏也马上试着说“喜欢”。小遥开始教玛纳霏，过了一会儿玛纳霏终于说出了“喜欢小遥”。她们俩一起入睡，而杰基仍旧为玛纳霏渐渐形成的母系关系而烦恼。

第二天，小刚和广美的妈妈米那模在做饭，妈妈发现小刚的厨艺十分惊人。小遥出现在走廊向着水下观察室走去，这时她听到了杰基正在和小智谈话。杰基告诉小智，玛纳霏这么喜欢被小遥抱并不是什么好事情，毕竟它应该是“苍海的王子”，一名领袖。领袖要是做出它对小遥那样的事，那还像什么样子？听到这话，小遥突然闯了进来，告诉杰基玛纳霏作为一名领袖依旧会做的很出色，然后就在广美正要进来的时候，她冲出了屋子。小遥难过的*着过道的墙缩抱成一团，玛纳霏在船外看到后，试着要吸引她的注意力。这时广美找得到了小遥。她看起来不想让玛纳霏离开，于是广美试着安慰她。为了让小遥感觉好一些，广美还把自己的海贝手镯给了她。那一晚，玛纳霏坐在一块岩石上，看着月亮。它开始唱歌，慢慢的，神奇宝贝们开始聚集在它身旁。看来玛纳霏在神奇宝贝里还是很有影响力的，或许它与小遥的关系并没有妨碍到它的地位。

转天，船停*在一座新月形状的小岛。哪里都不见玛纳霏的踪影。为了使气氛变轻松，小智决定放出自己的神奇宝贝来玩。而就在这时，玛纳霏出现并开始跟小智的神奇宝贝们玩了起来。它跟龙虾小兵玩起了追赶游戏。小遥自昨晚后现在好多了，她开始戴上印花大头巾，但头巾却被一阵微风卷走，飞进了海里。玛纳霏看到后，开始游泳去追头巾，这时头巾被巨牙鲨卡住，然后落到了古空棘鱼的身上。水面上，龙虾小兵还在岛的小海湾里跳着狂欢舞，后来才发现人们都回到船上去了。已经是傍晚了，大家都发现玛纳霏还没有回来。爷爷希普开始担心是不是出了什么事，于是他透露了蓝色礁湖号又一个惊人的秘密：底层甲板的后面是一个潜水艇舱，潜艇被系连在船上以便保持联系。妈妈米娜模把广美和小智等人带到了潜艇里，然后爸爸卡伊、妈妈米娜模、爷爷希普和杰基四人留在后方的船上看着他们行进。

另一方面，在远处，船长魅影已经跟踪到了蓝色礁湖号的地点，决定采取待机而动的策略。他只是等着杰基或者其他人帮他找到阿库夏的位置，然后他再采取行动。这时，擦洗船长身后地板的武藏、小次郎和喵喵三人也开始了他们捕获玛纳霏的密谋，等待着船长进入阿库夏的机会。

与此同时玛纳霏在大洋底部的裂缝里探寻着，终于发现头巾在一只铁甲贝的身上，它加速冲过铁甲贝，却冲得太远不慎卷入了激流里，它拼命向裂缝回撤，半路发现了头巾。铁甲贝张开壳让玛纳霏拿到头巾。玛纳霏接过头巾，在怀里抱了好一会儿才开始朝船原来的方向游回去。小遥开始担心起玛纳霏，不知道它是出去找食物了还是走丢了。而就在这时，玛纳霏出现在潜艇的窗外。正当他们开始往回返的时候，突然遇到了玛纳霏曾被卷入的湍急的洋流。潜艇开始失去控制。连接蓝色礁湖号的绳子啪的一声断开，潜艇中的他们开始消失在蓝色礁湖号的声纳（注：水底声波探测器）信号范围之外。广美努力了好一会儿想要稳定住潜艇，直到他们看见玛纳霏游过来想要他们跟它走。广美操作着潜艇跟随着玛纳霏，一会儿工夫他们从洋流中挣脱了出来，而玛纳霏仍然继续带领着他们前进。

蓝色礁湖号重新在声纳上找到了潜艇的位置，便开始跟着它。但他们注意到身后有另一条潜艇在跟踪着。原来蓝色礁湖号后面的是魅影的一条小型潜水艇。这时，蓝色礁湖号的潜艇位置又从声纳屏幕上消失。看起来似乎潜艇在水下遇到了一些障碍物。随后，月亮开始变成红色。不久，水之神殿阿库夏出现在蓝色礁湖号的潜艇的正前方。玛纳霏还在等着他们赶紧跟上来。潜艇找了一个“港口”停了进来。看起来阿库夏就像被泡泡包起来一样，神殿大概有一半都到处是水，完全是一个水的宫殿。这边，杰基担心蓝色礁湖号后面的跟踪艇里是魅影，于是他潜入水中，路上顺便捕获了一只小球飞鱼加速脚程去阿库夏。

正当玛纳霏带领小智等人走进一条被瀑布挡住的过道，玛纳霏开始加快，又一次开始唱歌。整个神庙都在低声附和着歌里的音符。然后瀑布分开，后面的几条瀑布也应声分开，打开了通往神殿深处的小路。就在这时，魅影也在阿库夏将潜艇停*了下来。发现神殿的兴奋让他手舞足蹈。他开始向前冲，而挂在魅影潜艇后面的吊舱打开出来几个人，原来是武藏、小次郎和喵喵几个偷偷的在跟踪魅影。回到这边，小智等人似乎来到一个死胡同，有一块小的方尖石碑，上面书写着古代文字。广美的妈妈说爷爷希普会读这些文字，如果他到过这里的话那也许他们应该继续前进。就在这时，魅影出现，还炫耀着自己能读出这些文字。上面写着：墙的另一边是曾经生活在这里已经长眠的人的藏宝室。他拿出了自己的手镯，一个相似的密码锁装置出现，魅影将它连成正确的密码，门在面前打开了。每个人都跟在了他的后面，很快他们抵达一个房间，房间里大而中空的裂口有着通往多条运河的通道。中间的一个平台上有一个嵌着水晶的祭坛，祭坛里的水逆流而上至顶端。魅影开始大声叫喊道他要找的东西就是那些水晶。玛纳霏立刻飞进了水流里。可这并没能阻止魅影，他拿下了一块水晶。忽然水流停了下来，玛纳霏落向了小遥。神殿以一种不祥的方式开始隆隆作响。水从各个通道口倾泻而出，很快人们意识到阿库夏开始变得不稳定起来。照这么快的速度算来，都没有时间来阻止魅影了，于是一群人又不得不向潜艇返回。半路上他们遇到了杰基，他让所有人都回去，他来对付魅影就行了。

大家都开始往潜艇返回，当回到藏宝室时，魅影正在拔出更多的水晶。这时候室内的水已经涨到房间高度的四分之一了，尽管祭坛目前还没有被洪水冲刷的危险。杰基进了藏宝室，阻止魅影拔出另一颗水晶。杰基嘲弄着这个海盗船长，一边抓起一块水晶将其放归原处，一边用他杂技般的技巧躲避着魅影。魅影设法把杰基逼入死角想要去碰另外一块水晶，但一道水柱在附近拍激而过，把他们俩统统从中间的平台上摔了下来，冲到了被水淹的地区。两个人被洪水带到了不同的运河通道里。魅影出来到了一条运河，发现水晶就在他的前面。他向着水晶冲去，可是水晶一滑进入了一个小的通道口里。

这一边，小智和小遥开始担心杰基，不知道他是不是无恙。突然玛纳霏跳出了小遥的怀抱，落进了水中。它想要给两人带路，而广美担心他们也许会回不来。小智告诉广美先回到潜艇内，以防万一暂时先不要去太远。随后，玛纳霏领着小智和小遥再次回到了神庙。

与此同时，魅影对于水晶终于决定作罢，开始返回他的潜艇，而潜艇因为洪水的关系已经漂到别的地方去了。等他找到潜艇的时候，武藏、小次郎和喵喵也在那里，他们计划着在魅影进来前抢占潜水艇。然而正当他们要把门锁上的时候，魅影一把手牢牢地抓住它把门拉开，同时也把火箭队三人打飞到海水中冲走了。这时，杰基也在魅影上潜艇之前赶上了他。不愿向杰基低头的魅影跟他打斗着争夺潜艇的控制权。最终魅影被推开，杰基开走了潜艇，但在潜艇启动之前魅影抓住了一条鱼雷*它也逃掉了。

小智和小遥最后发现自己来到了藏宝室里，玛纳霏跳过去拉了一下水晶。小智和小遥于是明白了只要全部的水晶都在原来的位置上，那么阿库夏就会得救。于是他们开始把余下的几块水晶放回孔里，然而还少了一块不见踪影。洪水开始冲到了平台，为了不再冒险，小智小遥和玛纳霏决定一起逃走。但在路上，皮卡丘发现那块遗失的水晶跑到了一口泉上。小智把它拾起，而小遥向着边界跑去希望能看到广美的潜艇。然而洪水没有任何消退停止的迹象。幸运的是火箭队来的时候乘坐的吊舱恰好在附近，小智打开舱门，让小遥、玛纳霏和皮卡丘进去。他说他要把最后的一块水晶放回原处来拯救阿库夏。尽管小遥激烈反对，小智还是关上了舱门跑了回去。

杰基抵达海面上找到了蓝色礁湖号。他问广美和其他人有没有上来，广美的爷爷说小智和小遥返回神殿后至今还在水下呢。杰基有些震惊，然而他也只能留在海面上，因为已经没有足够的时间可以回去救他们了。

小智爬上架着屋顶的横梁开始返回藏宝室，因为他和小遥走过的过道已经开始被水淹了。他找到了通往藏宝室的走廊，但那里也已被淹没。小智深深的吸了一口气潜进水里，游到藏宝室。就在他刚到达那里的时候，他的气用尽，水晶掉了下去。于是他拼命的往藏宝室上头爬去，上面几乎已经被水淹的没有什么空间了。小智从上面看好水晶落下的地点，发现它被底部的一条裂缝给卡住了。于是他又游了下去，抓起水晶，可是水晶纹丝不动拉不出来。费了半天劲终于把水晶取出来后，他开始重新往上游。然而他的气再一次用光，整个人失去了意识，水晶也滑落了下来。

这边，小遥开始担心起小智，祈祷他平安，希望他能好运。玛纳霏用“心灵交换”把小遥的心声传给小智。这让小智突然得到一大股能量，让他足以从水底再次游回了上方。小智再次确定水晶在水下的位置，潜下去取回它，这回他不顾自己还剩下多少气，围着祭坛游，终于把最后一块水晶放了进去。突然间，一道黄色光芒充满了整间屋子。这时即将瓦解崩溃的阿库夏就差点撞向大洋深处的一道峭壁了，幸好水晶被及时放回了原位，神殿勉强避过了碰撞，开始向上浮起。同时，一束束的黄色能量蜿蜒绕出藏宝室，随着阿库夏的上浮包裹起了整座神殿。海面上，大家都回到了蓝色礁湖号。不久，太阳缓缓升起，阿库夏也从水底升了上来。

神殿最终在大洋表面稳定了下来。小遥打开了吊舱的门。小智拯救了阿库夏，可是小遥却担心他中间不小心溺了水。这时有个影子从海水里出来，来到了小遥背后。魅影突然出现！他从抓住的鱼雷游回海面，一把抓住了玛纳霏，转身逃走。魅影起初显得很安然，然而随后一股黄色能量束从水下射出开始跟着魅影。能量束里似乎有什么东西，是小智！他追赶着魅影，海洋中的水系神奇宝贝们也同时聚集过来。魅影潜到水面下希望能避开小智，却被一群铁炮鱼挡住，限制了他的行动。趁这个海盗船长吃惊的时候，小智带走了玛纳霏。他一边游开一边吃惊竟然有那么多的神奇宝贝聚在了一起，连传说中的神奇宝贝盖欧卡都现身了！

然而事情还没完全结束。魅影最后试图用他的大型潜水艇发动攻击来捕获玛纳霏。这时，玛纳霏跳出了小智的怀里，开始发号施令。它召集附近地区所有身边的水系神奇宝贝发动反攻击来对抗魅影的潜水艇。于是大部分的神奇宝贝开始聚集在一起妨碍潜艇的行动。灯笼鱼们偷偷连成一圈明线电路，使潜艇短路。这下它就成了一个很容易被击中的目标了。趁此机会，玛纳霏跳到了盖欧卡的身上。盖欧卡跃出水面，只朝潜艇来了一记破坏死光，便将其连同所有的装备尽数破坏掉。战斗过后，杰基用魅影的私人潜艇找到了他。这时的魅影已是衣衫褴褛，举着一大截倒塌的柱子死撑着。他破烂的衣服里面露出了一套机械制服，这下杰基终于明白这个年老的海盗之前是怎么拥有如此超人类的力量能把巨石举起的。但魅影的制服终于负荷超载，柱子倒下来砸中了他。杰基爬上了被毁掉的潜艇，联系上护林员基地，告知任务已完成。

蓝色礁湖上的全体人员都很兴奋能看到小智，尤其是他被赐予了海之王的力量。为了庆祝，小智带上了其他人，让他们置身在各自的能量束里探索着阿库夏周围的深水处，看到了之前都聚集过来参见“苍海的王子”的所有水系神奇宝贝们。这一天终于结束了，阿库夏再次开始深入大洋中与世隔绝。蓝色礁湖号上，小遥跟玛纳霏在一起，就要把玛纳霏放归大海，因为现在正是时候。虽然很难，但小遥还是说出了再见。玛纳霏说出了小遥的名字，表达出了它有多么的喜欢小遥，然后跳进了大洋里。玛纳霏随后游向了阿库夏，一起消失在了视野中。

空间申请不久,没什么好东东,大家不要见怪!!

有什么要说的来说说吧!!!